In de 19de eeuw richtte de overheid in dit domein een kolonie op waar landlopers en bedelaars terecht konden. In 1955 werd Wortel Kolonie een onafhankelijke instelling met eigen beheer tot in 1993 de wet op de landloperij werd afgeschaft. De gebouwen van de grote boerderij staan er nog, maar zijn niet meer in gebruik. De andere gebouwen zijn nu omgevormd tot strafinrichting.
In 1999 kocht het ANB in Wortel Kolonie 400 hectare bos en natuurgebied aan, waarvan ongeveer 360 hectare in België en 40 hectare in Nederland (Schootsen Hoek).
De aanwezige bossen bestaan hoofdzakelijk uit naaldhout, zoals grove den maar ook Corsicaanse den en lork. Deze vrij monotone naaldhoutbegroeiing moet, door middel van kappingen, geleidelijk aan veranderen in een meer gevarieerd bos met inheemse loofbomen.
Door het kappen van bomen krijgen de oorspronkelijke heidevennen weer zonlicht. Dit komt vooral planten als zonnedauw, veenbies en dopheide ten goede. Het trekt ook heel wat insecten en waterbewoners aan waaronder verschillende soorten libellen en de zeldzame poelkikker. Jaarlijks broeden in Wortel Kolonie meer dan 75 soorten vogels, waaronder havik, buizerd, boompieper, bonte vliegenvanger, kuifmees, blauwborst, krakeend en dodaars. Wanneer deze vogels op stok gaan komen talrijke vleermuizen te voorschijn.
Met wat geluk bemerk je een hermelijn, bunzing, wezel of een schuchtere ree.