De Jekervallei wordt omringd door open akkergebieden en bestaat vooral uit oude hooilanden met meidoornhagen. Omdat deze natte graslanden niet meer interessant waren voor de moderne landbouw, zijn in het verleden veel hooilanden beplant met populieren. Deze terreinen worden ofwel nog begraasd of zullen spontaan verbossen met inheemse struik- en boomsoorten. De nog open hooilanden zijn meestal verlaten en sterk verruigd. Toch vinden we hier op verschillende plaatsen nog zeldzame planten zoals knolsteenbreek en op enige bron- en kwelplaatsen dotterbloem. Ook voor verschillende diersoorten - zoals de das en geelgors - is dit het enige leefbare, aaneengesloten natuurlandschap ten zuiden van Tongeren. Recent heeft de bever zich gevestigd in de Jekervallei. Gezien de landschappelijke en ecologische rijkdom van dit gebied, geniet het Europese bescherming als Vlaams Ecologisch Netwerk (VEN).
Om de bestaande natuurwaarden te verhogen, wordt een specifiek beheer uitgevoerd. De populierenbossen worden, als ze kaprijp zijn, gekapt. Daarna mogen ze spontaan evolueren naar inheemse valleibossen met onder andere zwarte els en gewone es. Waar het nog mogelijk is om de open vallei te herstellen, worden de populieren in lijnverband gekapt. De percelen krijgen daarna een extensieve begrazing (dit betekent weinig grazers op een groot gebied), eventueel aangevuld met een plaatselijk maaibeheer. Hiervoor wordt beroep gedaan op lokale landbouwers, die hun koeien de percelen laten begrazen of die eventueel de percelen maaien. De bestaande hagen worden hersteld en mogen breed uitgroeien. Op termijn zullen deze percelen evolueren naar een open, gevarieerd mozaïeklandschap met graslanden en ruigten.