De meeste bomen werden aangeplant na de Eerste Wereldoorlog als antwoord op een grote kaalslag. Hoewel beuk prominent aanwezig is, zie je ook andere soorten in dit gemengde bos zoals eik, esdoorn, berk, tamme kastanjes, populieren, grove en zwarte den. Op vele plaatsen zorgen het dichte bladerdek en intensieve betreding voor het ontbreken van ondergroei.
Zoals in vele Vlaamse heuvels werden er in de Kluisberg veldstenen en zavel uitgegraven. De kuilen die achterbleven, zijn stilaan weer begroeid geraakt met struiken en bomen. In 1977 bouwde men de grootste zavelgroeve om tot het recreatiedomein ‘Kluisbos’ met zwem- en sportmogelijkheden.
Met een doordacht natuurbeheerplan wil het ANB het monotone karakter van het Kluisbos doorbreken. Gerichte kappingen creëren weer open plekken in het dikke, zonnewerende bladerdak en geven andere soorten weer kans om zich te ontwikkelen. Het resultaat is een gevarieerdere en ecologisch waardevollere fauna en flora.
Een deel van het Kluisbos is voorbehouden aan Moeder Natuur. Zij mag in dit bosreservaat ongecontroleerd haar gang gaan. Er wordt niks aangeplant. Omgewaaide bomen blijven liggen en vormen zo een schuilplek voor heel wat insecten. Die vormen op hun beurt een lekkernij voor de vele gevederde bewoners van het bos zoals de glanskop, kuifmees, zwarte mees, goudhaantje, grauwe vliegenvanger en bosuil. Bronbeken en enkele poelen vormen ook een trekpleister voor vele dieren, zoals bijvoorbeeld de vuursalamander.