De geschiedenis van de Kraenepoel brengt ons terug tot in de vroege Middeleeuwen. De poel ontstond vanaf de dertiende eeuw toen de bevolking turf stak en veldstenen opgroef. De putten die op die manier ontstonden, werden gebruikt om vis in te kweken, vooral karper. De naam Kraenepoel verwijst naar de oude Nederlandse benaming voor turf: ‘kraene’ of ‘krane’.
Na het graven van het kanaal Brugge-Gent in de zeventiende eeuw verloren de viskweekvijvers veel van hun economische betekenis. De zoetwatervis kreeg immers stevige concurrentie van de nu makkelijker aangevoerde verse zeevis. Al gauw werden de poelen drooggelegd. Eind achttiende eeuw was de Kraenepoel waarschijnlijk gedegradeerd tot moerassige depressie. De textielbaron Jacob Lieven Van Caeneghem kocht in 1808 het kasteel van Bellem en het omringende domein. Hij liet de Kraenepoel uitdiepen en van een lage dijk voorzien en redde de poel op die manier van verlanding. Het waterpeil steeg en men kon opnieuw vis kweken. Het oogsten van de vis gebeurde met een bijzondere techniek: men liet de vijver gewoon leeglopen. Deze middeleeuwse methode, die ingang vond tot de Tweede Wereldoorlog, had een gunstige invloed op de fauna en flora in en rond de poel. De combinatie van herhaaldelijke drooglegging en een voedselarme bodem gaf een bijzondere vegetatie als resultaat. In 1957 werd de poel beschermd landschap. Sinds 2002 zijn het Agentschap voor Natuur en Bos en de gemeente Aalter eigenaar van het zuidelijke deel van de Kraenepoel.
Het LIFE-project Kraenepoel luidde het begin in van een grootschalige ecologische herstelfase. Een belangrijke stap hierin is het ontslibben van de poelbodem. Met het wegnemen van de voedselrijke elementen beoogt men de terugkeer van een voedselarm water en ecosysteem. Ondiepe, zacht glooiende oeverzones, die in de zomer gedeeltelijk droog komen te liggen, wisselen af met diepere, permanent overstroomde zones. Samen met een rijke onderwaterbegroeiing, rietvegetaties en drijvende waterplanten ontstaat er zo een ontzettend waardevolle leefomgeving voor talloze diersoorten, niet in het minst voor watervogels zoals fuut, blauwe reiger, kleine plevier, oeverloper en verschillende eenden.