De eigenlijke Houtsaegerduinen hebben sinds 1989 het statuut van Vlaams Natuurreservaat. Het aangrenzende Kerkepannebos bleef dankzij het Duinendecreet gespaard van verkaveling. In 2001 werd het bos opgenomen in het reservaat. Dit natuurgebied is eigendom van het Vlaamse Gewest en het Agentschap voor Natuur en Bos staat in voor het beheer.
De Houtsaegerduinen hebben, ondanks de verstoring van de grondwatertafel (i.e. de bovenste begrenzing van het grondwater) door rioleringen, een bijzondere biologische en landschappelijke waarde. Het droge halfnatuurlijke duinlandschap met mos-, korstmos- en buntgrasvegetaties behoort tot de best ontwikkelde van de hele kust. Ook de duinkalkgraslanden met zeldzame plantensoorten zoals geel zonneroosje en walstrobremraap zijn van zeer groot belang. Eveneens het vermelden waard is het voorkomen van kruipend moerasscherm en de kamsalamander, twee internationaal beschermde soorten. Dit gebied is verder bijzonder rijk aan zangvogels. Door de aanwezigheid van bessendragende struiken zoals duindoorn, duinroosje en vlier scoort het terrein goed als voedsel- en rustgebied. De belangrijkste doortrekkende zangvogels zijn zwartkop, tuinfluiter, roodborst, zanglijster en kneu.
Het Kerkepannebos is één van de oudste bosjes aan de Vlaamse kust. Planten die hier graag vertoeven zijn maarts viooltje, vogelmelk en op de drogere plaatsen bramen en stekelvaren.