De Lage Moere werd in de Middeleeuwen uitgeveend tot op de onderliggende zandlaag. Je vindt er dus niet de klassieke polderklei van het landschap rondom. De Meetkerkse Moeren zijn daardoor als het ware een eilandje in de polders.
Hoewel de voorbije twintig jaren meer dan 60 % van de natte hooilanden en reliëfrijke graslanden in akkerland werd omgezet, komen er in de Lage Moere nog verscheidene, zeer waardevolle percelen voor. In de hooilandjes is het uitkijken naar zeldzame planten zoals brede orchis, waterkruiskruid en trosdravik. Die soorten staan in Vlaanderen op de Rode Lijst van bedreigde soorten.
In de Lage Moere broeden er meer dan dertig soorten vogels, een relatief hoog aantal dat voornamelijk te verklaren is door de grote variatie in het gebied: open water, een eendenkooi dicht struweel, rietkragen, sloten, weilanden en akkers. In het kooibos en de omliggende ruigten broeden de aalscholver, blauwborst, grasmus, grauwe vliegenvanger, spotvogel en sporadisch boomvalk en wielewaal. In de vochtige hooi- en weilanden nestelen de graspieper, grutto, kwartel en veldleeuwerik. De kleine karekiet en rietzanger zijn dan weer typisch voor de met riet begroeide sloten. Kleine rietgans en kolgans komen in de Lage Moere graag overwinteren, net als wilde eend, smient en slobeend. Ook tijdens de trekperiodes kun je speciale soorten aantreffen, waaronder de goudplevier, wulp en regenwulp.
Een van de grootste bedreigingen voor de botanische waarde van het gebied zijn de kunstmatig verlaagde grondwaterpeilen. Dat leidde de laatste decennia tot een sterke verdroging, waardoor vele kwetsbare plantensoorten verdwenen. Om dit tij te keren, startte de Vlaamse Regering in 2001 met een natuurinrichtingsproject dat in het teken staat van vernatting en het omzetten van akkers naar grasland.