De naam Mortagnebos is afgeleid van ‘de heerlyckheede van het Mortansche’, het 18e eeuwse landgoed van het Onze-Lieve-Vrouwhospitaal dat zich bevond op de plaats van het huidige bos. Tot 1971 was er op de plaats van dit bos nog een landbouwgebied. Na het beëindigen van de pacht besloot de eigenaar, het OCMW van Kortrijk, om het te bebossen. Na het opmaken van een beplantingsplan werden in een twintigtal percelen ongeveer 25.000 loofbomen geplant. Met het oog op een recreatieve bestemming legde men ook een wandeldreef, een lig- en speelweide en een parking aan. Begin jaren negentig, twintig jaar na de eerste bosaanplanting, stelde men het bos open voor publiek. Sinds 1993 is het Agentschap voor Natuur en Bos verantwoordelijk voor het beheer van Mortagnebos.
Het bos is wetenschappelijk heel interessant omdat het één van de eerste voorbeelden van bebossing van landbouwgrond is. Heel wat verschillende boomsoorten werden toen aangeplant zoals es, wilg, zomereik, Amerikaanse eik, beuk en populier. Aangezien het bos vroeger landbouwgrond was, is de aanwezige kruidlaag nog niet zo rijk. Toch hebben boskruiden als bosandoorn, gewone salomonszegel, speenkruid, maarts viooltje en geel nagelkruid het bos al op eigen houtje weten te vinden. In de herfst steken zwammen en paddenstoelen hun kopjes op.
Ook tal van dieren hebben hun weg naar het bos al gevonden. Vos, bunzing, hermelijn en wezel worden af en toe opgemerkt. Een nieuwkomer is de ree, die pas heel recent werd gesignaleerd. Talloze vogelsoorten vinden in het Mortagnebos een geschikt plekje. Uitschieters zijn bedreigde broedvogels zoals wielewaal en zomertortel. Ook bosuil, ransuil, torenvalk en sperwer brengen hier hun kroost groot.