Sinds 1990 koopt het Agentschap voor Natuur en Bos gronden aan om de Sixtusbossen opnieuw te laten groeien. Op dit moment beheert het ANB zo’n 85 hectare. Het gaat niet om een aaneengesloten bosgebied, maar om een lappendeken van tientallen perceeltjes die met elkaar in verbinding staan. In functie van landschaps- en natuurontwikkeling worden niet alle gronden opnieuw bebost: er is ook ruimte voor 2,5 hectare fruit- en zaadboomgaard, en voor een viertal hectare weiland.
In de Sixtusbossen komt zomereik het meeste voor, maar plaatselijk vinden we ook tamme kastanje, gewone es, ruwe berk, zoete kers en lijsterbes. In de struiklaag doen vooral hazelaar, Europese vogelkers, Gelderse roos, vlier en vuilboom het goed. Wie goed zoekt, vindt ook de zeldzame tweestijlige meidoorn, mispel en bosroos.
Een opmerkelijke verschijning zijn de nestkoepels (mierenhopen) van de beschermde rode bosmier, een bosrandsoort die uniek is in de wijde omgeving. In één nestkoepel kunnen zo’n 700.000 rode bosmieren wonen. De rode bosmieren jagen vooral op plantenetende insecten zoals rupsen en ze ruimen ook dode dieren op. Op haar beurt is de rode bosmier een voedselbron voor andere dieren zoals de groene specht. Rode bosmieren vormen dus een belangrijke schakel in het bosecosysteem.
Door de aanwezigheid van een ondiepe kleilaag worden de Sixtusbossen gekenmerkt door stuwwatergronden met veel poelen met wisselende waterstanden.
Die poelen huisvesten nog vrij veel vinpootsalamanders, in West-Vlaanderen een zeldzame verschijning. De poelen worden verder nog bevolkt door de kleine watersalamander, de alpenwatersalamander, de gewone pad, en de groene en bruine kikker.
Vanaf eind april tot een heel eind in de zomer galmt in de bossen rond de Sint-Sixtusabdij de zang van de wielewaal. De mannetjes zitten in een Vlaams pak: geel met zwarte vleugels. De vrouwtjes kiezen voor een minder opvallend olijfgroen met discrete strepen. Ondanks dat felle geel zie je wielewalen zelden want ze leven hoog boven de grond in de boomkruinen. Lukt het je niet om een wielewaal te spotten, dan heb je wel veel kans om het dier te horen, want het heeft een heel bijzondere en opvallende roep. Eind augustus trekken de wielewalen opnieuw naar hun overwinteringskwartieren in Afrika.
In de Westhoek komt er een grote reepopulatie voor: schattingen spreken over meer dan 200 dieren. In de Sixtusbossen leeft de grootste populatie, naar schatting een zeventig dieren. Ze voelen zich uitstekend thuis in deze omgeving met afwisselend bos, grasland en akkerland. Ze zijn vooral bij schemeravond en ’s nachts actief. Het zijn echte fijnproevers: knoppen, jonge blaadjes, jonge scheuten en vooral bramen worden sterk gewaardeerd.