Het agentschap ijvert ook voor meer natuur in Vlaanderen. Dit niet alleen via het uitbreiden van eigen domeinen, maar ook door het ondersteunen van terreinbeherende verenigingen en particuliere grondeigenaars. Het ijveren voor meer en betere natuur is dus een zaak van samenwerking met een veelheid aan partners.
Het Agentschap voor Natuur en Bos heeft een belangrijke verantwoordelijkheid voor het beschermen van de natuur in Vlaanderen. Vlaanderen vormt immers een onmisbare schakel in het Europese Natura 2000 netwerk van natuurgebieden.