In Vlaanderen is de heikikker strikt gebonden aan voedselarme milieus zoals vochtige heidevelden, laagveengebieden en voedselarme moerassen. Als voortplantingsplaatsen gebruikt ze vennen, grachten en kleine vijvers die voedselarm of matig voedselrijk water bevatten. De eiklompjes worden veelal afgezet op ondiepe plaatsen met weinig schaduw. Landactieve heikikkers houden zich op in vochtige heiden, heischrale graslanden en bossen.