Geel schorpioenmos is in Vlaanderen bekend van 7 locaties, allen in de Antwerpse Kempen. Van drie plaatsen is hij alleen bekend vóór 1900, op twee plaatsen is hij gevonden vóór 1950 (in 1905 resp 1948). Slechts op één plaats, in Oelegem, is de soort na zijn ontdekking in 1904 nog recent teruggevonden. De vele vermeldingen voor het Torfbroek in Berg-Kampenhout berusten alle op foutieve determinaties (verwarring met Scorpidium cossonii). Het is wijd verspreid in Europa maar gaat sterk achteruit door habitatdestructie en verdroging.
met uitsterven bedreigd