De Dwergstern broedt in kolonies op zand-, kiezel- of schelpenstranden nabij het water.
Anders dan bij de Visdief, vist de Dwergstern het liefst in de branding.
Bij ons broedt hij enkel aan de kust, elders in Europa ook wel langs brede rivieren tot ver in het binnenland. Wanneer de vegetatie opschiet, wordt het gebied al snel opgegeven als broedplaats.