De Grote Stern is zuiver pelagisch en komt enkel aan land om te rusten en te broeden. Dit laatste doet hij in grote kolonies op (schier)eilanden of vlaktes met zand, schelpen en vrij korte begroeiing, altijd vlak bij of op eilanden in de zee.
Vanop zijn kolonie onderneemt hij voedselvluchten die soms tot 40 kilometer ver kunnen gaan. Hij vist zoals andere sternen door op geringe hoogte te vliegen en snel in het water te duiken achter een prooi.