De ooievaar is in Vlaanderen beschermd via het Koninklijk Besluit betreffende de bescherming van vogels in het Vlaamse gewest (Belg. Staatsblad. van 31 oktotber 1981) en via de Europese vogelrichtlijn (bijlage 1), conventie van Bern (bijlage 2) en de Conventie van Bonn (bijlage 2).
Dit educatief en wetenschappelijk project is een samenwerking tussen Natuurpunt vzw, Dierenpark Planckendael, Natuurcentrum Het Zwin en het Agentschap voor Natuur en Bos. De ooievaars worden onder andere met behulp van satellietzenders gevolgd op hun trekroute, de site http://www.ooievaars.be/ is ontwikkeld, de jongen worden geringd, nestplatforms werden geplaatst, er is volop sensibilisatie en educatie…
In kader van dit project bracht de toenmalige afdeling Natuur (het huidige ANB) in 2003 ook de folder ‘Ooievaars in Vlaanderen’ uit.
Via allerhande maatregeling zoals bijvoorbeeld beheer in eigen gebieden en subsidies via o.a. samenwerkingsovereenkomst zorgt het Agentschap voor Natuur en Bos voor voldoende voedselbronnen voor de ooievaar en soortgenoten.