Het Woudaapje is een zomergast van moerassen, rietlanden en rijk begroeide oeverzones met proper water. Hier vist hij vanop de kant, vanop rietstengels of overhangende takken. De manier waarop hij zich van rietstengel tot rietstengel verplaatst heeft bijgedragen tot zijn naam. Als nestplaats wordt meestal puur riet in ondiep water verkozen. Hij heeft ongeveer dezelfde levenswijze als de Roerdomp: leeft zeer verborgen, is vooral schemeractief en neemt bij benadering ook een paalhouding aan.