In september/oktober trekken franjestaarten massaal naar de winterverblijven en midden november beginnen ze hun winterslaap die duurt tot eind maart/begin april. Franjestaarten overwinteren weggekropen in spleten in mergelgroeven, forten of bunkers. De franjestaart is een korte afstandtrekker die op kleine afstanden van de zomergebieden overwintert. Omstreeks april/mei trekken de vrouwtjes naar de kraamkolonies, met zo'n 20 tot 80 (soms zelfs tot 200) vrouwtjes en soms ook enkele mannetjes. Boombewonende franjestaarten verhuizen zeer regelmatig en de groepsgrootte en -samenstelling varieert continu. Enkel tijdens de geboorte van de jongen, verzamelen de vrouwtjes in één grote groep.
De jachtgebieden liggen op korte afstand van de kolonieplaats. De verplaatsingen verlopen langs landschapselementen, soms ook dwars door het bos. Bij de jacht maken ze gebruik van echolocatie of sonar om zich te oriënteren en hun prooien te localiseren. Via hun mond stoten ze ultrasone, voor de mens onhoorbare, geluiden uit. Wanneer de geluidsgolven op een object (boom, insect...) botsen, dan ontstaat er een echo die wordt opgevangen door de gevoelige vleermuisoren. In de hersenen worden al deze signalen verwerkt en krijgt de vleermuis een 'beeld' van zijn omgeving.
De franjestaart heeft een frequentie modulerende sonar (FM). Het zijn korte pulsen met een steil frequentie verloop. Dit wil zeggen dat in een korte tijd de frequentie van 100 kHz zakt tot 30 kHz. Dit type van signaal geeft zeer gedétailleerde informatie, maar door de weerstand van de lucht reikt het niet ver.
De franjestaart overwinter in mergelgroeven, forten, bunkers, ijskelders en kelders van woningen. De temperatuur varieert tussen 3 en 7 °C. Ze kruipen vaak weg in spleten.
Er zijn regionale verschillen in de verblijfplaats van franjestaarten. In Vlaanderen verblijven ze meestal in boomholten, met een voorkeur voor oude spechtenholen. Soms worden ook gebouwen in gebruik genomen.
Algemeen wordt aangenomen dat ze jagen in oude, structuurrijke en vochtige bossen en parklandschappen. Maar ook in waterrijke habitats lijken ze te jagen. Ze vermijden grote open vlaktes.
Het dieet is zeer uiteenlopend, afhankelijk van waar ze leven. Het bestaat voor een groot deel uit dagactieve, niet vliegende insecten. In waterrijke gebieden bestaat het dieet voor een groot deel uit kokerjuffers, langpootmuggen en dansmuggen.
Al in het eerste levensjaar kunnen vrouwtjes aan de paring deelnemen. De paring begint in de herfst (oktober/november). en in april/mei bezetten ze de kraamkamers, met zo'n 20 tot 80 (soms zelfs tot 200) vrouwtjes en soms ook enkele mannetjes. Midden juni tot begin juli worden de jongen geboren en als ze vier weken oud zijn, kunnen ze vliegen. Er wordt regelmatig van kraamkamer gewisseld, soms tot 1 à 2 maal per week.