Baardvleermuizen overwinteren in forten, mergelgroeven, ijskelders en bunkers. Ze zoeken koelere plekjes op, dicht bij de ingang. Meestal hangen ze aan muren en plafonds en winterverblijven met meer dan 100 dieren zijn erg zeldzaam en vaak zijn de mannetjes in de meerderheid. Ze slapen van oktober tot maart. De watervleermuis is een middellange-afstandtrekker die tussen de 20 en 30 km aflegt tussen winter- en zomerverblijfplaats. Omstreeks april trekken de vrouwtjes naar de kraamkolonies. De afstand tussen kolonieplaats en jachtgebied is opvallend klein. De verplaatsingen verlopen langs landschapselementen. In het voorjaar en het najaar jagen ze soms ook overdag.
Bij de jacht maken ze gebruik van echolocatie of sonar om zich te oriënteren en hun prooien te localiseren. Via hun mond stoten ze ultrasone, voor de mens onhoorbare, geluiden uit. Wanneer de geluidsgolven op een object (boom, insect...) botsen, dan ontstaat er een echo die wordt opgevangen door de gevoelige vleermuisoren. In de hersenen worden al deze signalen verwerkt en krijgt de vleermuis een 'beeld' van zijn omgeving. De watervleermuis heeft een frequentie modulerende sonar (FM). Het zijn korte pulsen met een steil frequentie verloop. Dit wil zeggen dat in een korte tijd de frequentie van 100 kHz zakt tot 30 kHz. Dit type van signaal geeft zeer gedétailleerde informatie, maar door de weerstand van de lucht reikt het niet ver.
Baardvleermuizen overwinteren in grotachtige constructies zoals groeven, forten, bunkers en kelders waar de temperatuur 2 à 8 °C is.
Deze soort gebruikt zeer uiteenlopende types van zomerverblijfplaatsen. Ze komen zowel voor in gebouwen, bomen als vleermuiskasten. Boomkolonies zijn gehuisvest achter losse schors en in scheuren. Gebouwbewonende kolonies treft men aan op kerkzolders maar vooral in gewone huizen. Ze verblijven bijna altijd in nauwe ruimtes tussen het daktimmerwerk, achter gevelbekleding, enz.
De jachtgebieden liggen altijd in bosachtig landschap. Ze foerageren vaak langs bospaden en bosranden. Ook foerageren ze soms in parken, tuinen en weilanden.
Het dieet van de Baardvleermuis bestaat voor een groot deel uit langpootmuggen, aangevuld met dansmuggen. Ze vliegen op een hoogte van ongeveer 1,5 tot 6 meter.
Al in het eerste levensjaar kunnen vrouwtjes aan de paring deelnemen. De paring begint in de herfst en duurt tot het voorjaar (dus ook tijdens de winterslaapperiode). Ongeveer vanaf mei trekken ze zich terug in de kraamkamers, met zo'n 20 à 70 vrouwtjes. De mannetjes leven alleen in deze periode. Vanaf half juni worden de jongen geboren en eind augustus verlaten ze de kraamkamers.