Laatvliegers overwinteren alleen, zelden met 2 tot 4. Ze verkiezen temperaturen tussen 2 en 4 °C, maar verdragen voor kortere tijd ook temperaturen tot -6 °C en passen zich goed aan. Ze slapen ongeveer van oktober tot eind maart/april.
De franjestaart is een standvleermuis, de winterverblijfplaatsen zijn dikwijls op dezelfde plaats gelegen als de zomerverblijfplaats.
De (kraam)groepen bestaan meestal uit enkele tientallen en zelden uit meer dan 150 dieren. Laatvliegers bewonen een netwerk van verschillende huizen die op een afstand van hooguit enkele honderden meters van elkaar liggen. Ze verhuizen soms wel, maar zijn in principe erg plaats- en gebiedstrouw. Soms wordt een en hetzelfde huis jaar na jaar als zomer- en winterverblijf gebruikt. De jachtgebieden liggen op korte afstand van de kolonieplaats. De verplaatsingen verlopen langs landschapselementen, maar zijn hieraan niet strikt gebonden.
Bij de jacht maken ze gebruik van echolocatie of sonar om zich te oriënteren en hun prooien te localiseren. Via hun mond stoten ze ultrasone, voor de mens onhoorbare, geluiden uit. Wanneer de geluidsgolven op een object (boom, insect, ...) botsen, dan ontstaat er een echo die wordt opgevangen door de gevoelige vleermuisoren. In de hersenen worden al deze signalen verwerkt en krijgt de vleermuis een 'beeld' van zijn omgeving.
De laatvlieger heeft een fm-QCF sonar. Dit is een sonar met korte pulsen met een steil frequentie verloop gevolgd door een gedeelte met een quasi constante frequentie. Bij de laatvlieger ligt de nadruk op het QCF-gedeelte. Dit type van sonar geeft vooral informatie over veraf gelegen voorwerpen.
De laatvlieger overwintert op vrij droge plaatsen in gebouwen (kerkzolders, spouwmuren van huizen).
De zomerverblijfplaatsen zijn dikwijls identiek aan de winterverblijfplaatsen. Kolonies op zolder zitten dikwijls goed verborgen tussen het timmerwerk en de dakpannen. Ze gebruiken vooral spleetvormige toegangen om in het gebouw te geraken, maar ze gebruiken ook grotere invliegopeningen.
De laatvlieger foerageert in open en halfopen landschappen.. Het is een soort die sterk gebonden is aan kleinschalige landbouwgebieden, met veel landschapselementen en extensieve veeteelt. Laatvliegers jagen eveneens in parkachtige landschappen, moerassige gebieden. In dorpen en aan de rand van steden kan men in de schemering laatvliegers rond lantaarnpalen, in tuinen en in parken zien jagen.
De Laatvlieger jaagt vooral in de beschutting van opgaande elementen, zoals bosranden, heggen en lanen, op 5 - 10 m. hoogte maar soms ook wel hoger tussen de boomtoppen. Het dieet bestaat hoofdzakelijk uit kevers en nachtvlinders. Hiernaast worden ook langpootmuggen, dansmuggen en andere muggen en vliegen gegeten.
De jongen worden geboren vanaf de eerste helft van juni. In onze contreien krijgen ze één jong. Ze beginnen te vliegen vanaf 4 à 5 weken en in hun 6e levensweek zijn ze zelfstandig (dat is dus eind juli/begin augustus). Eind augustus worden de kraamkamers verlaten.