De verspreiding van deze soort is waarschijnlijk nog onvolledig gekend, maar het centrum ligt vooral in Midden- en oost-Europa. In tegenstelling tot de Gewone dwergvleermuis ontbreekt de Ruige dwergvleermuis in grote delen van Mediterraan Europa, de Britse Eilanden en Scandinavië.
In Vlaanderen komt de soort verspreid voor, maar is voorlopig nog onvoldoende onderzocht om een duidelijke verspreiding te kunnen formuleren.
Vermoedelijk bedreigd