In Europa komt de Tweekleurige vleermuis hoofdzakelijk voor in een gebied tussen zuid-Scandinavië, de lijn Estland-Griekenland, tot noord-Italië en oost-Frankrijk. België ligt aan de westelijke rand van het verspreidingsgebied.
De soort komt slechts zeer sporadisch voor in Vlaanderen en dan enkel tijdens de trekperiode. Aan de kust werd recent een kleine kolonie aangetroffen.
Niet bedreigd