De Centrale Diensten van het Agentschap voor Natuur en Bos bestaan uit drie afdelingen die op hun beurt onderverdeeld zijn in aparte cellen. Iedere cel heeft specifieke taken en wordt geleid door een celverantwoordelijke. Het Ondersteunend Centrum is geen afdeling van het agentschap maar heeft een apart statuut.
Zowel bij de Centrale Diensten als bij de Provinciale Diensten zijn er drie afdelingen: