Deze afdeling richt zich op het beheer van eigen domeinen of domeinen waarvoor het Agentschap voor Natuur en Bos de beheerverantwoordelijkheid draagt via overeenkomsten (o.a. militaire domeinen) of via wettelijke opdrachten (o.a. gemeentebossen). Binnen de afdeling beheer is er een gezamenlijke aanpak over alle sectoren heen: bossen, parken en natuurgebieden.De afdeling beheer bestaat uit meerdere cellen:
Deze afdeling staat in voor de realisatie van het natuur- en bosbeleid in het hele Vlaamse gewest. Deze afdeling bestaat uit volgende cellen:
Deze afdeling bundelt alle ondersteunende diensten van het Agentschap voor Natuur en Bos. Deze afdeling bestaat uit volgende cellen:
Een goede en vlotte communicatie tussen de verschillende afdelingen en diensten onderling is onmisbaar. Om deze samenwerking te verzekeren zijn er ook verticale, overkoepelende elementen voorzien: De Algemeen Directeur houdt samen met de administrateur-generaal, bijgestaan door de stafmedewerkers en het persoonlijk secretariaat, de goede werking van het Agentschap voor Natuur en Bos in de gaten. Zij zorgen ervoor dat alle afdelingen op één lijn zitten en vlot samenwerken.
Het managementcomité brengt Centrale en Provinciale afdelingen samen onder leiding van de administrateur-generaal om zo informatie, visies en standpunten uit te wisselen zodat de werking optimaal op elkaar wordt afgestemd.
Er zijn vier niveaus van samenwerking tussen de verscheidene afdelingen: coördinatie, procesafspraken, intern overleg en projectwerking.
De structuur van deze Provinciale Diensten sluit nauw aan bij de structuur van de Centrale diensten om zo een optimale samenwerking te verwezenlijken. Aan het hoofd van de provinciale afdelingen staat de provinciale directeur die de werking tussen de verschillende afdelingen en diensten coördineert.
De Provinciale Diensten zijn onderverdeeld in cellen. Elke cel heeft eigen specifieke taken en wordt geleid door een celverantwoordelijke. Er zijn vier cellen: