De Ingekorven vleermuis overwintert in grotten, groeven en kelders met een temperatuur tussen 6 en 9 °C, zelden lager. Meestal hangen ze alleen, maar soms ook in groepjes aan plafonds of muren, of in spleten. De vleermuizen arriveren reeds vroeg in de winterverblijfplaatsen (september-oktober) en blijven er tot laat in het voorjaar (half april). Ze hebben een heel lange diepe winterslaap, waarbij ze lange tijd op dezelfde plek blijven hangen. De ingekorven vleermuis is een middellange-afstandtrekker, zo'n 40 km, tussen winter- en zomerverblijfplaats. In mei trekken de vrouwtjes naar de kraamkolonies. Het is een soort die zeer plaatstrouw is, ze keren jaar na jaar terug naar de kolonieplaats. Solitaire dieren verblijven soms in holle bomen of andere secundaire verblijfplaatsen zoals bunkers en forten. Nu en dan gebruiken deze vleermuizen tijdelijke verblijfplaatsen dichter bij het foerageergebied. Ongeveer drie kwartier na zonsondergang vliegen ze naar hun jachtgebied, dat relatief dicht bij hun verblijfplaats ligt. Ingekorven vleermuizen jagen op een hoogte van 1 tot 5 meter, ook boven water en langzaam langs bosranden.
Bij de jacht maken ze gebruik van echolocatie of sonar om zich te oriënteren en hun prooien te localiseren. Via hun mond stoten ze ultrasone, voor de mens onhoorbare, geluiden uit. Wanneer de geluidsgolven op een object (boom, insect, ...) botsen, dan ontstaat er een echo die wordt opgevangen door de gevoelige vleermuisoren. In de hersenen worden al deze signalen verwerkt en krijgt de vleermuis een 'beeld' van zijn omgeving.
De ingekorven vleermuis heeft een frequentie modulerende sonar (FM). Het zijn korte pulsen met een steil frequentie verloop. Dit wil zeggen dat in een korte tijd de frequentie van 100 kHz zakt tot 30 kHz. Dit type van signaal geeft zeer gedétailleerde informatie, maar door de weerstand van de lucht reikt het niet ver.
De ingekorven vleermuis is een warmteminnende soort die tijdens de winter enkel in de diepste, warme gedeeltes van grotten, groeven en grote forten wordt aangetroffen.
In Nederland en Vlaanderen situeren hun zomerverblijfplaatsen zich vooral in grote zolders (ook van boerenschuren) en kerktorenspitsen. De ingekorven vleermuis gebruikt bij voorkeur grote invliegopeningen die een directe vlucht toelaten.
Als jachtgebied verkiest de ingekorven vleermuis bossen, riviertjes omgeven door bomen, parklandschappen en boomgaarden. Hier jagen ze vooral in en rond de boomkruinen.
Hun voedsel bestaat bijna uitsluitend uit spinnen (Araneidae) en mestvliegen (Calliphoridae). Ze jagen trouwens ook in koeienstallen. In mindere mate worden dag-actieve vliegen (Diptera), loopkevers (Carabidae) en nachtvlinders geconsumeerd. Het dieet wordt van de vegetatie en zelfs van de bodem geplukt. Nachtvlinders worden in de vlucht gevangen.
Men veronderstelt dat de vrouwtjes geslachtsrijp zijn vanaf hun tweede levensjaar. De jongen worden geboren tussen 15 juni en 15 juli. De jongen zijn vliegvlug na ongeveer 4 weken. De paringen vinden plaats in het najaar.