Bij het opstellen van rode lijsten worden 2 criteria gehanteerd zijnde de zeldzaamheid van de soort en de trend (achteruitgaand…). Deze criteria worden in een matrixtabel tegenover elkaar uitgezet en naargelang het vakje waarin een soort valt krijgt de soort het label zeldzaam, kwetsbaar, bedreigd, met uitsterven bedreigd. Hieraan wordt de categorie "uitgestorven" in Vlaanderen toegevoegd. Deze omvat soorten die zich vroeger in Vlaanderen regelmatig voortplantten, maar die recent niet meer werden aangetroffen.
Naast deze Rode lijst-categorieën worden nog een aantal categorieën gehanteerd om de toestand van een soort weer te geven. De categorie 'achteruitgaand' duidt op soorten die momenteel nog niet bedreigd zijn, maar het risico lopen om op korte termijn in de Rode lijst-categorie 'kwetsbaar' terecht te komen als de factoren verantwoordelijk voor de achteruitgang blijven voortduren en beschermingsmaatregelen uitblijven.
Voor een aantal taxonomische groepen werd reeds een rode lijst opgesteld. Deze lijsten werden opgesteld door specialisten die hun eigen gegevens en hun kennis gebruikten om de groep onder te verdelen in bovenstaande categorieën.